一、成像硬件的选型 
　　成像硬件用于获得清晰有效的菌落图像，以便分析计数。现今的成像硬件有拍照成像的、扫描成像的。由摄像头拍照成像的优点是：成像速度快，能确保在0.5秒内获得菌落图像。由单反相机、卡片机拍照成像的优点是：能自动对焦、且像素分辨率一般更高，但其成像需要3～4秒的时间。然而，拍照成像的致命弱点是：成像环境中的光线强度，无论是暗视野，还是背光，想要做到图像中心与边缘保持完全一致，是不可能的。从而引起平皿上亮度的不一致，这就严重干扰了菌落目标的自动识别。因此，如果要选购拍照成像的，其分析软件就一定要具有背景矫正功能，以便自动改善成像的效果。扫描成像与在灯箱中营造均匀面光源不同，是将线光源通过移动变成面光源的，因此光线强度非常均匀，其均匀度通常比拍照灯箱的面光源要高一个数量级，从成像硬件的根本上解决了菌落目标的亮度不匀问题，因此计数分析非常稳定。目前，以300dpi分辨率（3482×2396像素成像）扫描6个90mm直径平皿的速度，暗视野成像约12秒、背光成像约20秒，就其成像速度而言，与单反相机、卡片机拍照成像的速度相当。由于扫描成像的光线均匀度远远高于拍照成像，为获得高质量的成像效果，以便实现“傻瓜式”分析。扫描成像的另一优点是：成像分辨率可调，单平皿成像最高可达4800dpi（即：25.4/4800=0.00529mm/像素），是任何拍照成像远不及的。可以预期：扫描成像将很快成为主流选择。 
　　二、分析软件的选型 
　　分析软件是全自动菌落计数仪的另一块核心成分。因为菌落生物的存在多样性，在培养基上的表现或显像不可能大体一致，针对这类变化，在分析软件选型上要考虑：对于各类成像干扰的自动排出能力。比如：是否能自动矫正背景，等等。另外，对于严重粘连在一起的团装、链状分布菌落，将其自动分割开来的水平，也是评价分析软件的考量指标。尤其是：对于同类菌落的“一键”化的智能分类计数能力，以及对于菌落计数分类的自动识别学习能力，更是评价分析软件的关键考量指标。现在比较好的分析软件，还集成了对6个90mm直径平皿的抑菌圈全自动测量功能，以及对抗生素效价分析、药敏分析功能，可避免用户重复购置成像用的硬件。一般分析软件都具应具备对于分析结果和标记图像的保存、查看功能。 
　　三、精准、稳定的傻瓜式操作 
　　全自动菌落计数仪就是为了减轻工作人员工作强度的，在现今的高技术下，若还需要估算才能测出菌落数的话，应是比较落后了。最好的是：能“不变应变”精准、稳定地傻瓜式操作的分析软件，其对于菌落形态和样品状态的不确定性，能够自动适应，以避免不断地调节菌落分割参数，其最多由对话交互来擦除那些个污染部分，即可。